Dengan demikian, pendidikan di pesantren Mukhtarul Amin berlangsung selama 24 jam dalam sehari, karena seluruh aktivitas santri dimaksudkan untuk pendidikan. Santri dalam kesehariannya menjalani berbagai aktivitas yang cukup padat, tidak ada waktu yang terbuang begitu saja, tanpa dimanfaatkan untuk hal-hal yang positif, baik dalam mengikuti kegiatan kurikulum, ekstra kurikuler maupun kegiatan belajar KeDiniyahan (Tahfiz, Kitab Kuning, Bahasa dll).
Berikut ini rutinitas kesaharian santri YPP MA NWDI yang wajib dilakukan:
Setiap pukul 04:00 WITA para santri akan dibangunkan dengan suara Bel, ini menandakan bahwa santri di himbau untuk segera bergegas mengambil air wudhu dan dilanjutkan dengan shalat sunnah tahajjud berjamaah. Sembari menunggu azan subuh para santri akan melantunkan doa doa dan zikir fajar.
Selanjutnya saat azan berkumandang santri akan melanjutkan dengan shalat berjamaah yang diimami oleh sesama santri dengan pengawasan pengasuh asrama. Bukan hanya sampai disana santri akan membuka kitab kuning untuk belajar cara membaca sekaligus cara menerjemahkan dan dihari lain diselangi dengan mendalami bahasa Arab sampai dengan matahari terbit, karna diwaktu pagi seperti ini sangat efektif dijadikan waktu untuk belajar.
Sebelum para santri memasuki kelas belajar, santri pada awalnya akan diminta untuk membersihkan lingkungan Asrama dengan bergilirin setiap harinya dan sebagian santri akan pergi mandi dan berwudhu dilanjut Shalat Sunnah Duha berjamaah barulah santri akan diberikan Sarapan secara berjamaah pula.
Seperti halnya sekolah formal pada umumnya pembelajaran dimulai pada pukul 7:30 sampai pukul 12:30 WITA setiap hari Senin – Sabtu dalam satu minggu.
Ba’da shalat zuhur berjama’ah adalah waktu istirahat santri dengan membaca kitab, membaca Al-quran, memperdalam hafalan al-quran/hadis, tidur siang dan kegiatan lainnya secara mandiri namun sebelumnya santri sudah diberi makan siang terlebih dahulu. Setelah shalat Ashar tiba santri akan kembali bergegas untuk shalat berjamaan dilanjutkan denga kegiatan Diniyah seperti praktik ibadah, belajar tajwid, kaidah bahasa, nahwu-saref, tahfiz al-quran dan kegiatan lainnya. Semua kegiatan berlangsung setiap hari kecuali hari Ahad.
Saat jam sudah menunjukan jam 17:00 Wita kegiatan Diniyah akan diberhentikan dan santri diberi kesempatan untuk beristirahat sebentar dan membersihkan diri untuk bersiap-siap mengikuti kegiatan selanjutnya, ba’da magrib yakni Setor hapalan (wajib) dilakukan pada malam Rabu, Kamis, Sabtu, dan Ahad, untuk malam Senin dan Jum’at diisisi dengan pembacaan Yasin NW dan Al-Barzanji NW, sedangkan malam Selasa di isi dengan belajar Matan Jurumiyah di sampaikan langsung oleh TGH. Muhammad Wirajaya, Lc dan dilanjutkan dengan shalat Isya berjamaah.
Sekitar pukul 20:00 Wita setelah makan malam selesai santri biasanya melakukan setoran Hadis dan Mufradat (Kosa Kata Bahasa Arab) ke Pembina dan pengasuh yang ada di Asrama, karna setoran yang dilakukan oleh santri selalu dikontro oleh Pembina masing-masing dan akan ada konsenkuensi yang akan didapatkan jika lengah dalam menghafal.
Tepat jam 22:00 Wita Santri akan diperkenankan untuk memasuki ruang kamar Asrama masing-masing dan dilarang untuk melakukan aktifitas yang akan menyebabkan keributan.
Demikianlah aktifitas santri Mukhtarul Amin, setiap harinya istirahat secukupnya dan belajar semaKsimalnya.
